吉布提港口与自贸区管理局（DPFZA）是管理吉布提港口、自由区、经济特区及其他主要基础设施的政府机构。DPFZA的任务包括： 推广吉布提港口及自由区作为商业和物流平台； 建立以商业为导向的法律框架，营造有利于商业的环境； 监管港口和自由区； 通过其投资部门Great Horn Investment Holding（GHIH）投资基础设施、交通和能源。管理局在DIFTZ自贸区一楼设有办事大厅，为入驻园区的客户提供营业执照办理、营业执照更新、工作证办理、居住证办理、签证办理、免税申请、过期货物销毁等服务
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吉布提港口物流管理系统（DPCS））是吉布提港口与自由区管理局（DPFZA）通过其旗下的子公司建立的，主要目的是提供港口、机场、铁路和公路等进出口过程的IT解决方案。 目前DPCS在DIFTZ自贸区办公大楼13楼设有办公地点，主要为园区客户提供系统账号注册、培训、收费以及问题解决等服务。
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吉布提港走廊公路（DPCR）在连接吉布提港口基础设施与其腹地和邻国方面发挥着关键作用，增强了该国在非洲之角红海南入口处的地缘战略重要性，并促进了区域连通性和经济增长。DPCR SA负责管理以下道路：RN1、RN2、RN5、RN9、RN11、RN17、RN19及相关基础设施。 目前该组织在DIFTZ自贸区服务中心一楼设有办事处，负责收取去埃塞俄比亚的货物车辆的过路费。
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国家社会保障基金（CNSS）是具有法人资格和财务自主权的行政性质的公共机构，是负责管理吉布提共和国社会保障的机构。自2014年12月全民医保实施以来，主要负责保障全民医疗保险。 CNSS在DIFTZ自贸区服务中心设有办事处，主要负责园区客户员工的社会保险，以及园区劳工的意外和医疗保险等服务。
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